他家学渊源，博采众长，主张中西合璧，儒、释、道三教归一。
一生著述400余万言，多有散佚，存世作品数十种，内容涉及文、史、哲、地、医药、物理。
其所著《物理小识》对于光和声的波动性的认识，远较前人为强。
书中提出了被我们称之为“气光波动说“的朴素光波动学说，方以智并在此基础上阐释了他的“光肥影瘦“主张，认为光在传播过程中，总要向几何光学的阴影范围内侵入，使有光区扩大，阴影区缩小。
他并据此批驳了传教士，有关太阳直径将近有日地距离三分之一大的说法。这些，都是前无古人的学术贡献。
另外，《物理小识》关于光的色散、反射和折射，关于声音的发生、传播、反射、共鸣、隔音效应，关于物质的比重、关于磁效应等诸多问题的记述和阐发，都是极其出色的。
后传入日本，为日本学者争相研读。此书并影响到日本学者把“物理学“作为Physics的译名，最后又传回中国。
不过此时，他却没有那么大的成就和声望，他此时年方十四，徒步到数百里外的考场参加会试，以此来磨炼意志（史料记载）。
经过怀远的时候，于是有了如今和熊廷弼见面的情由！
方以智谦逊答谢后，道：“先前听闻熊大人蒙冤入狱，学生每每击节惋惜！如今见到大人得到娘娘重用，学生不胜之喜！”
熊廷弼感叹道：“皇后娘娘真乃世间少见的贤后！黄先生又是太祖钦定的贤臣，虽然陛下蒙难，但我大明在娘娘和黄先生执掌下，定会再次强盛！老臣得娘娘和黄先生洗去冤屈，真是感慨良多！定要为大明鞠躬尽瘁！”
方以智道：“学生就是在大明日报上得知了朱纯臣这奸贼之事，才赶来怀远县看看，没想到能遇到大人，陛下蒙难，幸有贤臣忠毅候力挽狂澜！学生真是仰慕得很！”
他说着从怀里取出两张折叠得整整齐齐的报纸。
“学生有幸读了两张大明日报，方知黄先生的事迹，真让学生大开眼界！黄先生不止是品德高雅，为我辈楷模啊！黄先生还有惊天的学识！学生有一个不情之请，虽然不合适，还请两位大人成全！”
熊廷弼道：“老夫对黄先生也是敬仰万分，你说说看？”
方以智道：“两位大人公务繁忙，原本学生是不能开口的，但学生对黄先生的事迹，乃至大黄庄的种种奇物实在是太好奇了，大人及兵士从京师而来，且，我观这些兵士，定是黄先生亲自训练的大黄庄强军！学生也不敢耽搁两位大人的公务，可否指派一个兵士，给学生讲讲黄先生的事！此外，若有新的大明日报也请给我一份，让学生一睹为快！”
熊廷弼哈哈大笑。
张福根也是脸露笑意！
这方公子如此推崇少爷，如何不让张福根感到骄傲！
熊廷弼道：“老夫刚刚脱牢狱就立刻走马上任，对于黄先生的事情也是从张县尉那边听来，此事就由张县尉安排一二吧！”
张福根道：“方公子目光的确独到，我所带兵士均为先生亲自培养，且都是自大黄庄建立之日起，就一路亲身参入其中。”
张福根顿了顿，道：“只是我和熊大人及兵士们均有重任在肩，只能等空闲的时候，才能指派人和公子详谈了，报纸我们倒是每一份都有，你先在县衙内看报吧！”
方以智躬身行礼，连连致歉。
张福根让人取了报纸交给了方以智。
方以智大喜接过，如饥似渴的阅读起来！
“建奴细作落网记！”
其中一张的此版的新闻顿时吸引了方以智的目光。
