观测时间是靠事先的计算确定的，南怀仁还把一架直径差不多2尺的天球仪带到了观象台，以便向陪同的官员们讲解他的观测。
面对测验结果，杨光先仍为自己辩解，指责南怀仁“欲毁尧舜相传之仪器，以改西洋之仪器”。
然而，这种说辞再不能打动皇帝了。
由于杨光先等所做推算与实测不符，而南怀仁的推算皆与观象台的实测一致，最后，康熙帝推倒了杨光先诬告汤若望一案，为汤若望及同案死者平反。
杨光先被判死刑，但念他年老体衰，故恩准他告老还乡（杨死于返乡途中）。
1669年3月11日，礼部建议由南怀仁掌管钦天监。
康熙八年三月初一日（1669年4月1日），南怀仁被授以钦天监监副，负责“治理历法”。
初九日（4月9日）礼部再奉旨，“历法天文，概第南怀仁料理”。
