此外，他还撰著了《天主教丧礼问答》；与利类思合作编撰《圣教日课》。
南怀仁的这些著作，特别是前几种，均曾再版重印。
其中尤以《教要序论》刊印次数最多，甚至直到1930年代仍有刊印。
这些宗教著作，宣扬了天主教教义、教规和宗教仪式等等。
在科学著作中，南怀仁也不失时机地介绍有关天主教的情况。
他在《西方要纪》（1669）中，撰有“教法”一节；他在《坤舆图说》（1674）下卷的“欧逻巴州”一节中也说到：“诸国所读之书，皆古圣贤撰著，一以天主经典为宗。”
南怀仁尤其注意利用为康熙皇帝进讲科学的机会，宣传天主教，努力造就有利于传教的局面。
南怀仁“以科学助传教”的宗旨，在他不懈努力下，取得很大成功，在他离世四年后，官方即允准天主教合法。
